# 3.3 祖先染色体重建与核型演化四联图

尺寸17.8 × 21.2 cm，PNG 600 dpi；PDF为矢量输出。全部文字为Times New Roman，字号8–13 pt。每幅子图另有PNG、PDF和R入口文件。

## 建议图题与图注
图X 樟科祖先染色体框架、多物种染色体对应及油梨第12号染色体重排候选的祖先状态判定。
（A）七物种的系统发育拓扑示意及祖先重建的骨架数据。深绿色节点表示目标樟科祖先；拓扑依据论文提供的关系绘制，不表示分支长度，也未添加节点支持率。正式投稿前应与最终系统发育树文件核对。
（B）12个祖先染色体簇的44个CAR组成、顺序和方向。CAR编号简写，01代表CAR0001；正负号为推断方向，问号及虚线边框表示方向未确定。ANC07标星，表示存在四种同分排列，本图仅展示结果文件所列排列。右侧为骨架Orthogroup数，合计3,958；不等于补充1,759个OG后得到的5,717个OG。等宽CAR块仅表示顺序，不表示物理长度或基因数。
（C）六个内群物种中各祖先簇的主要染色体对应关系。颜色与B中祖先簇一致，括号内为骨架锚点数；少量次要定位不在本图显示。Sxx为序列登录号缩写，不应解释为重新命名的染色体；完整对应见data/primary_correspondence_display_key.tsv。本图为对应矩阵，不是按物理位置绘制的染色体涂色图。
（D）祖先ANC12、West Indian Pa12和Hass12的CAR顺序和方向。统一整体坐标方向后，West Indian与祖先一致，Hass的CAR0025与CAR0031顺序及方向反转。Hass中三个CAR的直接一对一投射锚点数分别为141、20和3。该证据支持Hass衍生倒位候选的解释，但并非碱基级断点验证；示意块不按物理长度绘制。Anise未直接参与原始AGR，本图不将其画作已完成祖先锚点投射的样本。

## 与正文的对应
A对应3.3.1；B对应3.3.2；C对应3.3.3；D突出3.3.4中的油梨局部重排演化方向。共线锚点完整统计、留一物种分析、其他CAR重排及闽楠候选倒位建议放补充图，不在主图重复展开。未检出高可信融合/断裂不等于演化历史中绝对不存在此类事件。

## 复现
在终端运行：Rscript plot_all.R。也可分别运行plot_A.R至plot_D.R。脚本仅使用R自带grid包；需在macOS上安装Times New Roman。绘图设备采用macOS Quartz。所有入口文件依赖同目录common.R和data文件夹，复制时请保留目录结构。

## 来源
小型数据文件复制自Desktop/数据库项目/比较基因组/AGR_reconstruction/data中的正式v3 CAR排序、演化对应及ANC12验证结果。未修改原始文件，未下载大型数据。A的拓扑为用户正文提供，未伪造支持率。